MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydophila psittaci 6BC plasmid pCps6BC

Total Repeats: 141

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017288	AGA	2	6	89	94	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384451099
2	NC_017288	T	8	8	136	143	0 %	100 %	0 %	0 %	384451099
3	NC_017288	ATA	3	9	224	232	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384451099
4	NC_017288	TGAT	2	8	237	244	25 %	50 %	25 %	0 %	384451099
5	NC_017288	TGT	2	6	252	257	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384451099
6	NC_017288	CT	3	6	284	289	0 %	50 %	0 %	50 %	384451099
7	NC_017288	T	6	6	369	374	0 %	100 %	0 %	0 %	384451099
8	NC_017288	A	6	6	512	517	100 %	0 %	0 %	0 %	384451099
9	NC_017288	AAC	2	6	519	524	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384451099
10	NC_017288	CT	3	6	527	532	0 %	50 %	0 %	50 %	384451099
11	NC_017288	TAA	2	6	616	621	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384451099
12	NC_017288	AT	3	6	658	663	50 %	50 %	0 %	0 %	384451099
13	NC_017288	TGC	2	6	668	673	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384451099
14	NC_017288	AT	3	6	799	804	50 %	50 %	0 %	0 %	384451099
15	NC_017288	CTA	2	6	811	816	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384451099
16	NC_017288	TTCT	2	8	840	847	0 %	75 %	0 %	25 %	384451099
17	NC_017288	GCT	2	6	882	887	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384451099
18	NC_017288	AAT	2	6	903	908	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384451099
19	NC_017288	TGG	2	6	918	923	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384451099
20	NC_017288	AGA	2	6	1243	1248	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384451100
21	NC_017288	AC	3	6	1310	1315	50 %	0 %	0 %	50 %	384451100
22	NC_017288	TCTG	2	8	1319	1326	0 %	50 %	25 %	25 %	384451100
23	NC_017288	AGA	2	6	1327	1332	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384451100
24	NC_017288	AGG	2	6	1339	1344	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384451100
25	NC_017288	TGT	2	6	1588	1593	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384451100
26	NC_017288	T	6	6	1610	1615	0 %	100 %	0 %	0 %	384451100
27	NC_017288	TC	3	6	1641	1646	0 %	50 %	0 %	50 %	384451100
28	NC_017288	GTT	2	6	1662	1667	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384451100
29	NC_017288	AGTA	2	8	1690	1697	50 %	25 %	25 %	0 %	384451100
30	NC_017288	TAT	2	6	1719	1724	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384451100
31	NC_017288	TTC	2	6	1726	1731	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384451100
32	NC_017288	ACT	2	6	1754	1759	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384451100
33	NC_017288	A	7	7	1867	1873	100 %	0 %	0 %	0 %	384451100
34	NC_017288	CTT	2	6	1881	1886	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384451100
35	NC_017288	TCA	2	6	1924	1929	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384451101
36	NC_017288	GCT	2	6	1978	1983	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384451101
37	NC_017288	TGA	2	6	2010	2015	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384451101
38	NC_017288	TAA	2	6	2022	2027	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384451101
39	NC_017288	CTG	2	6	2032	2037	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384451101
40	NC_017288	TTTC	2	8	2125	2132	0 %	75 %	0 %	25 %	384451101
41	NC_017288	A	6	6	2144	2149	100 %	0 %	0 %	0 %	384451101
42	NC_017288	TTG	2	6	2180	2185	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384451101
43	NC_017288	AC	3	6	2241	2246	50 %	0 %	0 %	50 %	384451101
44	NC_017288	CTT	2	6	2273	2278	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384451101
45	NC_017288	AGG	2	6	2298	2303	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384451101
46	NC_017288	ATAC	2	8	2314	2321	50 %	25 %	0 %	25 %	384451101
47	NC_017288	TCT	2	6	2404	2409	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384451101
48	NC_017288	TATG	2	8	2456	2463	25 %	50 %	25 %	0 %	384451101
49	NC_017288	ATC	2	6	2511	2516	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384451101
50	NC_017288	T	7	7	2580	2586	0 %	100 %	0 %	0 %	384451101
51	NC_017288	TAC	2	6	2606	2611	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384451101
52	NC_017288	GTT	2	6	2629	2634	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384451101
53	NC_017288	ACC	2	6	2643	2648	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384451101
54	NC_017288	TTA	2	6	3109	3114	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384451102
55	NC_017288	TTTG	2	8	3119	3126	0 %	75 %	25 %	0 %	384451102
56	NC_017288	AT	3	6	3147	3152	50 %	50 %	0 %	0 %	384451102
57	NC_017288	ACCAC	2	10	3209	3218	40 %	0 %	0 %	60 %	384451102
58	NC_017288	ACC	2	6	3226	3231	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384451102
59	NC_017288	AG	3	6	3239	3244	50 %	0 %	50 %	0 %	384451102
60	NC_017288	GTT	2	6	3268	3273	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384451102
61	NC_017288	AACA	2	8	3291	3298	75 %	0 %	0 %	25 %	384451102
62	NC_017288	TGA	2	6	3310	3315	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384451102
63	NC_017288	ATG	2	6	3398	3403	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384451102
64	NC_017288	CAG	2	6	3405	3410	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384451102
65	NC_017288	TAAA	2	8	3501	3508	75 %	25 %	0 %	0 %	384451102
66	NC_017288	T	6	6	3522	3527	0 %	100 %	0 %	0 %	384451102
67	NC_017288	ATT	2	6	3581	3586	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384451102
68	NC_017288	CTT	2	6	3597	3602	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384451102
69	NC_017288	TGG	2	6	3708	3713	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384451102
70	NC_017288	GCT	2	6	3773	3778	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384451102
71	NC_017288	GTT	2	6	3807	3812	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384451102
72	NC_017288	TGT	2	6	3974	3979	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384451103
73	NC_017288	TTG	2	6	3997	4002	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384451103
74	NC_017288	TAAA	2	8	4028	4035	75 %	25 %	0 %	0 %	384451103
75	NC_017288	CTT	2	6	4039	4044	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384451103
76	NC_017288	T	6	6	4043	4048	0 %	100 %	0 %	0 %	384451103
77	NC_017288	GTTT	2	8	4078	4085	0 %	75 %	25 %	0 %	384451103
78	NC_017288	T	7	7	4138	4144	0 %	100 %	0 %	0 %	384451103
79	NC_017288	AT	3	6	4161	4166	50 %	50 %	0 %	0 %	384451103
80	NC_017288	CTATTT	2	12	4204	4215	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384451103
81	NC_017288	T	8	8	4249	4256	0 %	100 %	0 %	0 %	384451103
82	NC_017288	CTA	2	6	4381	4386	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384451103
83	NC_017288	ATG	2	6	4404	4409	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384451103
84	NC_017288	T	6	6	4421	4426	0 %	100 %	0 %	0 %	384451103
85	NC_017288	TTC	2	6	4448	4453	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384451103
86	NC_017288	GA	3	6	4516	4521	50 %	0 %	50 %	0 %	384451103
87	NC_017288	CTT	2	6	4543	4548	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384451103
88	NC_017288	CTT	2	6	4633	4638	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384451103
89	NC_017288	T	7	7	4676	4682	0 %	100 %	0 %	0 %	384451103
90	NC_017288	ATAA	2	8	4768	4775	75 %	25 %	0 %	0 %	384451103
91	NC_017288	TTG	2	6	4801	4806	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384451103
92	NC_017288	GCT	2	6	4827	4832	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384451103
93	NC_017288	TCT	2	6	4920	4925	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384451103
94	NC_017288	CTT	2	6	5007	5012	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384451104
95	NC_017288	GTT	2	6	5054	5059	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384451104
96	NC_017288	CTA	2	6	5088	5093	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384451104
97	NC_017288	AAT	2	6	5127	5132	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384451104
98	NC_017288	ACA	2	6	5202	5207	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384451104
99	NC_017288	TCT	2	6	5228	5233	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384451104
100	NC_017288	T	6	6	5341	5346	0 %	100 %	0 %	0 %	384451104
101	NC_017288	AAG	2	6	5553	5558	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384451104
102	NC_017288	TC	3	6	5581	5586	0 %	50 %	0 %	50 %	384451104
103	NC_017288	ATTTG	2	10	5591	5600	20 %	60 %	20 %	0 %	384451104
104	NC_017288	GCA	2	6	5702	5707	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384451104
105	NC_017288	AAC	2	6	5710	5715	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384451104
106	NC_017288	ATA	2	6	5730	5735	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384451104
107	NC_017288	GAA	2	6	5756	5761	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384451104
108	NC_017288	AATC	2	8	5787	5794	50 %	25 %	0 %	25 %	384451104
109	NC_017288	ATG	2	6	6070	6075	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384451104
110	NC_017288	TCT	2	6	6151	6156	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384451104
111	NC_017288	GATATT	2	12	6179	6190	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384451104
112	NC_017288	AT	3	6	6207	6212	50 %	50 %	0 %	0 %	384451104
113	NC_017288	AT	3	6	6228	6233	50 %	50 %	0 %	0 %	384451104
114	NC_017288	GTG	2	6	6256	6261	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384451104
115	NC_017288	AAC	3	9	6277	6285	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384451104
116	NC_017288	AAT	2	6	6300	6305	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384451104
117	NC_017288	A	6	6	6325	6330	100 %	0 %	0 %	0 %	384451104
118	NC_017288	TCT	2	6	6353	6358	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384451104
119	NC_017288	TG	4	8	6474	6481	0 %	50 %	50 %	0 %	384451105
120	NC_017288	AAC	2	6	6542	6547	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384451105
121	NC_017288	TTTC	2	8	6563	6570	0 %	75 %	0 %	25 %	384451105
122	NC_017288	TCT	2	6	6641	6646	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384451105
123	NC_017288	AGAA	2	8	6694	6701	75 %	0 %	25 %	0 %	384451105
124	NC_017288	AGT	2	6	6793	6798	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384451105
125	NC_017288	GT	3	6	6797	6802	0 %	50 %	50 %	0 %	384451105
126	NC_017288	AGC	2	6	6829	6834	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384451105
127	NC_017288	TA	3	6	6839	6844	50 %	50 %	0 %	0 %	384451105
128	NC_017288	CTAA	2	8	6848	6855	50 %	25 %	0 %	25 %	384451105
129	NC_017288	AAT	2	6	6880	6885	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384451105
130	NC_017288	TCA	2	6	6904	6909	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384451105
131	NC_017288	TAT	2	6	6981	6986	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384451105
132	NC_017288	TTC	2	6	7041	7046	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384451105
133	NC_017288	ACA	2	6	7082	7087	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384451105
134	NC_017288	GT	3	6	7143	7148	0 %	50 %	50 %	0 %	384451105
135	NC_017288	ACA	2	6	7154	7159	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384451105
136	NC_017288	ATT	2	6	7160	7165	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384451105
137	NC_017288	GAAA	2	8	7211	7218	75 %	0 %	25 %	0 %	384451105
138	NC_017288	CA	3	6	7302	7307	50 %	0 %	0 %	50 %	384451105
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.